از دیر زمان به این مهاجرین افغانستان در پاکستان با چالش های جدی مواجه اند. این مهاجرین که بیشتر شان متقاضی ویزای کشورهای حامی مهاجرین اند به شکل اجباری توسط پلیس پاکستان بازداشت و اخراج می شوند.